Институт за епидемиологију задужен је за праћење и анализу епидемиолошке ситуације у Војсци Србије, Републици Србији и у свету. У могућности је да успешно решава и најсложеније епидемиолошке  проблеме  заразних болести и истражује природно жаришне инфекције.

Институт се састоји од Одељења за спречавање и сузбијање болести и Одељења за природно жаришне инфекције и дезинфекцију, дезинсекцију, дератизацију (ДДД).